Motivo
Ao emitir um MDF-e, se já existir outro documento com
o mesmo CNPJ do emitente, modelo, série e número, mas com diferenças
na data de emissão, no tipo de emissão, no código numérico ou em outras
posições da chave de acesso, a SEFAZ retornará a Rejeição 539.
Essa rejeição indica que já existe um MDF-e registrado com
os mesmos identificadores principais, e qualquer divergência em campos
complementares impede a emissão do novo documento até que as informações sejam
ajustadas.
Confira abaixo a regra de validação aplicada pela SEFAZ:

Como
resolver
Para resolver a Rejeição 539, é necessário alterar
a numeração do MDF-e para um número que ainda não tenha sido utilizado na
mesma série. Por exemplo, se a empresa já emitiu documentos até o número 100
na série 1, a emissão seguinte deve ser configurada a partir do número 101
nessa mesma série.
Se você não lembrar qual foi a numeração do último MDF-e emitido, é
recomendável manter o número 1, mas alterar para a série 2.
Isso garante que cada MDF-e possua uma numeração única,
evitando conflitos e rejeições no momento da autorização pela SEFAZ.

Referência: Manual de Orientação do Contribuinte
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